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Comment l'analyse de séquence peut-elle établir si une séquence génomique est un gène fonctionnel ou un pseudogène ?


BLASTX d'un gène de requête montre 5 résultats dans mon sujet, comment puis-je savoir lesquels d'entre eux sont exprimés et lesquels sont des pseudogènes (en utilisant une séquence d'ADN ou par analyse de séquence) ?


Il n'y a pas de bons gènes à réponse unique qui ont longtemps été considérés comme des pseudogènes pouvant avoir une fonction dans un ensemble très étroit de cellules.

Cela étant dit, certains des meilleurs indicateurs sont ; destruction de l'ORF, accumulation de mutations C->T et G->A (méthylation/désamination chez les mammifères).

L'expression n'est probablement pas un bon indicateur, car une fois que vous commencez à inclure de longs ARN non codants, les pseudogènes peuvent être transcrits, mais peuvent ne pas avoir de fonction de codage de protéine (le cas échéant).

Vous pouvez également mesurer la perte d'introns et d'une queue poly-A dans la séquence d'ADN, ce qui est cohérent avec un rétro-pseudogène, mais cela ne signifie pas que le « pseudogène » n'a pas sa propre fonction.

Dans l'ensemble, la conservation évolutive est l'indicateur le plus rapide et le plus fiable, mais en fin de compte, un knock-out génétique serait nécessaire.

Si vous avez plus d'informations sur le pseudogène, il peut y avoir d'autres informations utiles qui pourraient aider à distinguer les deux.