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Quelles caractéristiques de séquence influencent l'efficacité de transcription de la polymérase T7 ?

Quelles caractéristiques de séquence influencent l'efficacité de transcription de la polymérase T7 ?


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La polymérase T7 ne transcrit pas toutes les séquences de la même manière, l'efficacité de la transcription peut varier considérablement pour différentes séquences. Une exigence bien connue de la polymérase T7 est que la séquence doit commencer par 2-3 guanines pour une transcription efficace.

Existe-t-il de la littérature qui a quantifié les effets de la séquence sur l'efficacité de la transcription ? Je suis surtout intéressé par l'effet des premiers nucléotides, car il n'est généralement pas possible de changer d'autres parties de la séquence.


La partie de loin la plus importante est le tout début de la transcription, en particulier les positions +1 et +2. La séquence consensus conservée dans les promoteurs T7 de classe III estGGGAGA, tout changement dans les deux premiers nucléotides réduit considérablement l'efficacité de la transcription. Les changements aux positions +3 à +6 ont des effets beaucoup plus faibles.

De plus, les changements qui placent de nombreuses paires de bases AU dans cette région (par exemple GGUUU) semblent affecter négativement l'efficacité de la transcription.

D'autres séquences qui sont problématiques n'importe où, pas seulement au début, sont de longues séquences d'uridines ou d'adénines. Les séquences avec huit uridines ou adénines ou plus peuvent faire glisser la polymérase, ce qui entraîne des transcrits avec plus d'uridines ou d'adénines que dans la matrice.

Ces caractéristiques sont détaillées dans l'article de Milligan et Uhlenbeck de 1989.


Milligan, J.F. & Uhlenbeck, O.C. Synthèse de petits ARN à l'aide de l'ARN polymérase T7. méth. Enzymol. 180, 51-62 (1989).


Voir la vidéo: Transcription (Juin 2022).