Informations

Explication de « l'utilisation différentielle des relevés de notes » (DTU)


Cet article décrit l'utilisation différentielle des transcriptions comme

L'utilisation différentielle de la transcription (DTU) est un cas particulier d'épissage alternatif dans lequel le profil d'abondance relative de la transcription (RTA) d'un gène, la proportion de l'expression totale au niveau du gène qui découle de chacune des isoformes de transcription du gène, diffère entre les conditions (Soneson et al ., 2016). [… ] Un exemple de DTU peut être illustré par le scénario où l'expression génique totale est la même entre les conditions A et B, mais l'isoforme 1 du transcrit est le transcrit majoritairement exprimé dans la condition A tandis que l'isoforme 2 du transcrit est le transcrit majoritairement exprimé dans la condition B.

Ma question est la suivante : l'utilisation différentielle des transcriptions est-elle essentiellement la même que les niveaux d'utilisation de codons particuliers ? Sinon, quelle est la différence? Je ne suis pas sûr de ce que sont les "isoformes de transcription", donc je ne sais pas s'il s'agit de codons ici ou de quelque chose de complètement différent.


Non, c'est une chose complètement différente, qui a à voir avec l'épissage et l'épissage alternatif.

Je vous renvoie à un texte de génétique pour plus de détails sur l'épissage et l'épissage alternatif, mais je vais donner ici une explication très brève et incomplète de ce qu'ils sont et comment ils s'intègrent dans DTU.

Les gènes sont composés d'introns et d'exons. Les exons sont les seules parties des gènes qui sont d'habitude composer le transcrit mature (la rétention d'intron est possible, mais cela ne nous intéresse pas). L'épissage est le mécanisme par lequel dans un gène eucaryote, les introns sont supprimés et le transcrit mature est assemblé uniquement à l'aide d'exons. Lors de l'épissage, tous les exons ne sont pas nécessairement retenus. Imaginez un gène avec les exons 1, 2 et 3. Il est possible que la forme principale (appelée isoforme) est celui constitué des exons 1, 2 et 3. Appelons cela Isoforme 1. Cependant, en raison d'un phénomène appelé épissage alternatif, d'autres isoformes, peuvent être générées, par exemple une isoforme composée des exons 1 et 3. Appelons cela Isoforme 2. En moyenne, on peut imaginer que l'abondance de Isoforme 1 par rapport à Isoforme 2 est plutôt constant. Cependant, certains traitements ou certaines modifications des stimuli environnementaux, peuvent donner lieu à une Utilisation différentielle du relevé de notes par lequel l'abondance relative des deux isoformes change.