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Comment obtenir le fichier d'une phylogénie publiée d'un taxon

Comment obtenir le fichier d'une phylogénie publiée d'un taxon


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Si un article a une phylogénie publiée, est-il courant d'obtenir le fichier newick avec les longueurs de branches des auteurs ? Afin de faire d'autres recherches avec l'arbre.


Il est de pratique courante pour les auteurs de publier leurs arbres sur TreeBase pour que d'autres personnes puissent les utiliser. Ils listeront généralement le lien dans le matériel supplémentaire de l'article. Certaines revues en ont fait une exigence pour les auteurs.


Regardez le script R lié à cet article. rotl : un package R pour interagir avec les données Open Tree of Life http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.12593/full

install.packages("rotl") library(rotl) studies <- studies_find_studies(property = "ot:focalCladeOTTTaxonName", value = "Caesalpinieae", exact = TRUE) tree <- get_study_tree(study_id = studies[["study_ids"]] [1], tree_id = strsplit(studies[["tree_ids"]],", ")[[1]][1]) # Exemple 2 cat_studies <- studies_find_studies(property = "ot:focalCladeOTTTaxonName", value = "Felidae ", exact = TRUE) cat_tree <- get_study_tree(study_id = cat_studies[["study_ids"]][1], tree_id = cat_studies[["tree_ids"]][1]) cat_tree ## ## Arbre phylogénétique avec 38 conseils et 37 nœuds internes. ## ## Libellés des astuces : ## Neofelis_nebulosa, Panthera_tigris, Panthera_uncia, Panthera_pardus,… ## ## Enraciné ; comprend les longueurs de branches.



Commentaires:

  1. Beadutun

    À mon avis, vous admettez l'erreur. Je peux le prouver. Écrivez-moi dans PM.

  2. Nichol

    Je suis désolé, que je vous interrompre, mais c'est nécessaire pour moi un peu plus d'informations.

  3. Jeremyah

    Ce n'est pas comme ça.

  4. Alchfrith

    Pensée remarquable et utile

  5. Shakaramar

    supper)))) if you look at it - you will not want it

  6. Tygozahn

    C'était et avec moi. Discutons de cette question. Ici ou dans PM.

  7. Morn

    tous les messages personnels partent aujourd'hui ?



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